境内の諸堂

六角形の本堂は明治10年（1877）の再建で、正面に拝堂が付属しています。
六角堂の御詠歌は「わが思う心のうちは六（むつ）の角ただ円（まろ）かれと祈るなりけり」です。「六の角」とは、六根（眼・耳・鼻・舌・身・意）によって生ずる六欲のことで、これらを捨て去って角を無くし、円満になること、すなわち「六根清浄を願う」という祈りを込めた形と伝えられています。
本尊は聖徳太子の念持仏と伝える如意輪観音坐像で、秘仏とされており、厨子の前に御前立が安置されています。脇侍は、毘沙門天立像（重要文化財）と地蔵菩薩立像です。また、本堂の裏側にも多くの仏像が安置され、小窓から拝むことができます。
平成31年（2019年3月）、本堂及び拝堂とともに京都市指定有形文化財に指定されました。

親鸞が鎌倉時代の初め、建仁元年（1201）六角堂に参籠し、浄土真宗を開くきっかけを得たことにちなみ、親鸞の像を二体安置しています。
一体は草鞋を履いて比叡山から六角堂へ向かう姿、もう一体は六角堂に籠もって如意輪観音から夢の中でお告げを受けている姿です。

境内の南東隅にある唐崎社は、六角堂の鎮守です。御祭神の唐崎明神は、「唐崎の松」で有名な琵琶湖畔の唐崎神社（滋賀県大津市）の神様で、比叡山延暦寺とも深い関係があります。かつては明星天子菩薩とも称していました。社殿には、祇園社（八坂神社）と天満宮（北野天満宮）の神様が合祀されています。